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必修2遗传与进化《科学前沿生物信息学》公开课PPT课件优质课下载
2003年,人类基因组及其33亿个碱基对的图谱宣告完成
挑战:如何用一种易于查阅与理解的格式来存储海量的数据,以及对这些数据进行分析和解读需要关联各种功能?
生物信息学
一、生物信息学
1、生物信息学的概念:研究生物信息的采集、处理、存储、传播、分析和解释等各方面的一门学科,它通过综合利用生物学、计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。
2、生物信息学的研究对象
(1)基因组数据:基因组的信息对于DNA而言主要包含在其4种碱基中:A、T、G、C。对于基因组而言,除了DNA,RNA也是具有遗传信息的物质,其中包括含有蛋白质信息的mRNA,以及具有调控作用的miRNA和 siRNA等非编码RNA。
(3)基因表达数据:搞清楚不同状态下的基因表达水平,是了解基因调控的重要途径。调控过程是基因组参与的最复杂的过程之一,对于调控的认识是人类破解遗传密码的关键。
(2)蛋白质组数据:蛋白质的多样性并不仅仅表现在氨基酸排列顺序,还可以通过不同的螺旋和折叠方式构成空间结构。
1、初级数据库:贮存原始的生物数据
(1)DNA数据库:DNA序列
二、分子数据库
①欧洲分子生物学实验室(EMBL)(位于英国剑桥)
②GenBank[美国国家生物技术信息中心( NCBI),该中心隶属于美国家医学图书馆,位于美国国家卫生研究院内]
③日本 DNA 数据库(DDBJ)
(2)基因组数据库:各种基因组计划,大部分在EMBL中均可找到
(4)蛋白质结构数据库
(3)蛋白质序列数据库
①SWISS—PROT:由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护
②PIR:由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库
PDB:世界蛋白质数据库管理
2、二级数据库:在初级数据库的基础上经加工个增加相关信息,使它们更便于特定专业人员的使用
身份号,记录号,日期,物种,分类,细胞器,相关文献,文献作者,文献题目,文献出处
三、生物信息学的进展
1、序列分析