【解析】

①由化学方程式可知，参加反应的物质是磷和氧气，正确；

②由化学方程式可知，反应前后分子总数变了，错误；

③化学反应前后元素的种类不变，正确；

④原子是化学变化中最小的粒子，反应前后原子的种类和数目不变，正确；

⑤根据质量守恒定律可知，反应前后物质的总质量不变，正确；

⑥反应前磷、氧气为单质，磷、氧元素的化合价均为零，反应后磷元素化合价为+5价，氧元素的化合价为-2价，错误；

故选D。