【解析】

【分析】植物体的结构层次从微观到宏观依次是细胞→组织→器官→植物体。图（1）是植物细胞，图（2）种子属于器官，图（3）导管属于输导组织。图（1）中①细胞壁，②细胞质，③细胞膜，④细胞核，⑤液泡，⑥叶绿体。

【详解】A.图（1）中，④是细胞核，是细胞生命活动的控制中心，A正确。

B.（3）导管属于植物的输导组织，具有输导功能，导管是死细胞，不能分裂和产生新细胞，B错误。

C.图（2）种子中储存的营养物质是植物通过光合作用制造的，能量来自于太阳能，C正确。

D.植物体的结构层次从微观到宏观依次是细胞→组织→器官→植物体。图（1）是细胞，图（2）种子属于器官，图（3）导管属于输导组织，所以从结构层次上看，由微观到宏观的排列顺序为（1）→（3）→（2），D正确。

故选B。