【解析】

【分析】本题考查科学探究的基本环节，对照试验变量的唯一性．设置对照试验．

【解答】解：A.选取两套培养皿的目的是设置对照，一套培养皿不做处理，为对照组，另一套培养皿在选定的环境中处理，为实验组。不是将分别采集不同环境中的标本放在选用的两套培养皿中，不符合题意；

B.采集同一环境中的标本，除实验组培养皿在选定的环境中处理外。实验组和对照组必须在相同的环境培养，不符合题意；

C.设置的对照和实验必须在同一环境下培养；才能保证实验变量的唯一性，不符合题意；

D.在不同环境中培养科学探究的基本环节是提出问题、作出假设、制定计划、实施计划、得出结论、表达交流。科学探究实验中的变量是唯一的，才能得出准确的结论，否则就得不出准确的结论。科学探究时要设置对照试验，且实验组与对照组除探究的对象不同外，其余的条件都要相同。在检测不同环境中的细菌和真菌的探究活动中，选用两套培养皿目的就是设置对照，且实验组与对照要在同一环境下培养。符合题意

综上所述：A、B、C选项不符合题意，只有D选项符合题意。